Şehir sularında bulunan klor ve ağır metaller bitki ve balıklar için zehirlidir. Bu suyun ilk önce akvaryum için uygun hale getirilmesi gerekir. Akvaryuma koymadan önce temiz ve zehirli olmayan bir kapta bir hafta dinlendirmek ya da bir su filtresi veya hava pompasıyla bir iki gün havalandırmak gerekir. Bundan sonra da suyun içinde kalan kloru ve ağır metalleri nötralize etmek için bir su hazırlama preparatı kullanmak yerinde olacaktır.
Bakır zehirlidir. Bu yüzden yeni kurulmuş, henüz kireçlenmemiş bakır tesisatlardan gelen su, akvaryumlar için uygun değildir. İçinde zehirli metaller bulunma olsılığı olduğu için musluktan akan sıcak suyu da akvaryum için kullanmamalısınız. Sadece soğuk su, o da bir süre akıtıldıktan sonra kullanılmalıdır.