Biyodizelin Dezavantajları
Hiçbirşey kusursuz olmadığı için biyodizelinde zayıf yanları vardır.

Problemlerden biri biyodizel emisyonlarında artan nitrojen oksittir. Dizel yakıt üretiminde genellikle emisyondaki katı parçacıklar azaltıldığında buna bağlı olarak nitrojen oksit miktarında artış olur. Nitrojen oksit oranını azaltmak için çalışmalar hala sürdürülmektedir.

Diğer bir problem ise biyodizelin bir çözücü olarak davranmasıdır. Bu özellik iki tarafı keskin kılı gibidir. Bazı eski model dizel araçlarda ( 1992′ den önceki ) yüksek konsantrasyonlu biyodizel kullanımı motorda tıkanmaya yol açabilir. Biyodizel üreticileri yüksek konsantrasyonlu biyodizel kullanımına geçildikten sonra yakıt pompasının değiştirilmesini önermektedirler.

Ayrıca bazı motorlarda hem yakıt ekonomisini hemde elde edilen gücü çok küçük bir miktar düşürür. Güçte ortalama olarak %10 bir düşüş yaşanır. Diğer bir değişle 1.1 galon biyodizel, 1 litre standart dizele eşittir.

Biyodizelin şu anki en büyük dezavantajı ise fiyatıdır. Örneğin B20 standart dizelden galon başına 30-40 sent daha maliyetlidir.

Diğer bir önemli dezavantaj ise ulaşılabilirliktir. Biyodizel yakıt, standart dizel yakıtlar gibi heryerde bulunamamaktadırlar.