Ustaşa hareketi Hırvatların zihninden silinemeyerek Sosyalist Yugoslavya'nın ölümü ile birlikte yeniden hortladı. Yeni Hırvatistan Bağımsız Devleti Ustaşa rejiminin bayrağını ve milli marşını benimsedi ve Sırplara karşı ayrımcı yasalar uygulamaya başladı. Ayrıca, tarihi gerçekler tamamen çarpıtılmıştır. Yeni Hırvatistan Bağımsız Devleti tarihi yazımında 1941-1945 dönemi "Çetnik-Komünist saldırganlarına karşı Ulusal Bağımsızlık ve Kurtuluş Savaşı" olarak ve 1945-1985 dönemi "komünist rejimi tarafından Hırvat halkına ve Katolik Kilisesine yönelik zulüm" olarak da tanımlandı. Sadece Hırvat neo-faşist kültüründe değil, Katolik katedrallerde yapılan ayinlerde de, Ustaşalar "vatansever savaş kahramanları" olarak anılmaya devam eder. Hatta, kardinal Franyo Kuhariç, The Times gazetesine verdiği demeçte, "NDH süresince yalnızca bir avuç Sırp hayatını kaybetmiş" dedi. Yine de kardinal Kuhariç, Avrupa ve Amerika ülkelerini ziyaret etmiş ve Opus Dei Örgütü ABD Şubesi aracılığıyla ABD'deki en nüfuzlu siyasi hareketler ile ilişki kurabilmiştir.


18 Mayıs 1941'de, papa XII. Pius Hırvat lideri Ante Paveliç’i Vatikan’da kabul etti. 50 yıl sonra tarih tekerrür etti. 25 Mayıs 1991'de, papa II. Jean Paul Hırvat lideri Franjo Tudjman'u da kabul etti.

Vatikan, Avusturya ve Almanya, Slovenler ve Hırvatların ayrılıkçı kampanyasına büyük destek verip Yugoslavya'ya karşı uluslararası komplonun başını çekmişti. 4 Ekim 1990'da Vatikan, Hırvatistan hükümetine 2 milyar dolar faizsiz ve uzun vadeli kredi verdi. Savaş boyunca Beyrut'tan Hırvatlara 2 milyon dolar AK-47'ler (Kalaşnikof) gönderildi. Avusturya ve Almanya da, faşist Hırvatları silahlandırarak ve mali destek vererek Sırplara saldırmalarını teşvik etti. İç savaşın çıkmasının ardından ise, Avusturyalı-Alman-Macar neo-faşistler, İngiliz ırkçı skinheadler, Jean-Marie Le Pen Ulusal Cephe gönüllüleri, American Fascist Movement üyeleri ve 1945 yılından beri sürgündeki Ustaşalar, Batı'nın desteğiyle, Eski Yugoslavya'ya girdiler. Vukovar, Gospiç, Osijek, Sisak, Zagreb, Batı Slavonya (Psunj, Papuk, Bilogora, Marino Selo ve Pakraçka poljana), Daruvar, Karlovac, Virovitica, Ogulin, Zadar ve Bjelovar Ortodoks ahâlisi katliama uğrayan yerler oldular. 1991-1993 arasında yaşadığı Eski Hırvatistan Sosyalist Cumhuriyeti topraklarını terk etmek zorunda kalan Sırpların sayısı 120.000 kişiyi aştı. 'Kitap soykırımı' sonunda Hırvatlar Kiril alfabesi ile yazılmış ya da Sırbistan'da yayınlanmış 100.000 kitapı yaktılar. Dubrovnik piskoposu Jelimir Puliç, Hırvat-Sırp savaşını "Hırvatistan mücadelesi Katoliklik mücadelesidir" sözleriyle yorumladı.

21 Nisan 1991'de, II. Jean Paul, Yugoslavya halklarının tarihi, dinsel, dilsel ve kültürel ayrılıklarını vurgulayarak bu ülkede köklü değişikliklere gerek gördüğünü bildirdi. 28 Haziran 1991'de, Slovenya ve Hırvatistan'nın bağımsızlığının ilan edilmesinden üç gün sonra, II. Jean Paul, Stepan Mesiç, Franjo Tudjman ve Milan Kuçan'a selamlar yolladı. Kendilerini Sırpları, Eski Hırvatistan Sosyalist Cumhuriyeti'ndeki Sırp nüfusuna karşı katliam yapmak ve Sırpların kimliklerini yok etmeye çalışmakla suçlayan II. Jean Paul, Sırpların 'mikromilliyetçilik' düşüncesinin yürütücüsü olduklarını söyledi. Vatikan müdahalesi, Hırvat-Sırp çatışmalarını tırmandırdığı halde, 17 Ağustos'ta papa Macaristan'ı ziyareti ederken Hırvatistan'ın milli hedef ve menfaatlerin gerçekleşmesini destekledi. Komünist rejimin çizdiği Eski Hırvatistan Sosyalist Cumhuriyeti idari sınırlarını 'egemen ulus-devletin sınırları' ilan eden Vatikan, daha temkinli bir yaklaşımı yeğleyen Batı Avrupa Birliği'ni de zorladı. Batı Avrupa Birliği'nin en büyük endişesi, Yugoslav iç savaşının başlamasından sonra işsizlik ve suç oranlarının artması, toplumda gerginliğin ve huzursuzluğun artması, kaçak göçmen akını tehlikesinin ortaya çıkması oldu. Batı Avrupa Birliği'nin planı, kanlı savaşları önlemek, Yugoslavya'yı idari değil, milli sınırlarla bölünmek ve Krayina Sırp Özerk Bölgesi'ni Federal Yugoslavya arazisi dâhilinde bırakmaktı. Ama Vatikan, Sırp halkının kendi kaderini tayin hakkını inkar edip Batı Slavonya ve Knin Krayinası'ndaki Sırp nüfusunu kırıma ya da sürgüne mahkûm etti. Prag'daki AGİT daimi konseyinin olağanüstü toplantısında Kutsal Makam temsilcisi, "Yugoslav cumhuriyetleri arasında iç sınırların yalnız kendi idari değil, aynı derecede tarihsel, uluslararası kabul edilmiş ve Anayasal sınırlar olduklarını" açıkladı. Bunun üzerine 8 Eylül 1991'de Sırplar, Belgrat'ta Vatikan Elçiliği önünde protesto yürüyüşü düzenledi. Yürüyüşe katılanlar ellerinde "Vatikan Şeytan Devletidir" yazılı dövizler taşıdılar. Sırplara göre, Roma Katolik Kilisesi, Sırp milletini yapmacık sınırlarla parçalayan Josip Broz Tito'nun sözde federatif yapısından faydalanarak Ortodoks Sırbistan'ı boğmak istiyor. Papa II. Jean Paul, 29 Kasım 1991'de Vatikan'da Almanya Dışişleri Bakanı Hans Dietrich Genscher ile düzenlediği görüşmede Yugoslavya'nın parçalanması konusunda kesin karar aldı. Kutsal Makam, AGİT üyesi ülkelerine bir muhtıra yollayarak Slovenya ve Hırvatistan'ı kabul etmek istedi. 13 ve 15 Ocak 1992'de Vatikan, Avusturya ve Almanya, Yugoslavya Anayasasına aykırı bir şekilde ilan edilen Slovenya ve Hırvatistan'ın bağımsızlığını tek taraflı olarak tanıdı. Yeni Hırvatistan Bağımsız Devleti'ni Birleşik Almanya tarafından tanınması Hırvat halkında büyük bir sevinç ve heyecan yarattı. Zagreb'te Cafe Genscher adlı bir kahvehane bile açıldı, sokaklar Danke Deutschland çığlıkları ile inletildi ve bestelenen Danke Deutschland adlı şarkı TV ve radyolarda sık sık yayınlandı:
Teşekkürler Almanya
Kalbim alevler içinde yanarken
Gönderdiğin güzel hediyeye
Teşekkürler Almanya
Rüyalarımı, kalbimi ve aşkımı vatanıma bırakıyorum
Teşekkürler Almanya
Şimdi artık biz yalnız değiliz
Şimdi saadeti hissedebiliyoruz
Benim ve senin için yıkılan vatanıma umut ışığı görünüyor
Aniden güneş üstümüze doğuyor

Artık 1942 yılı ile 1992 yılı arasında Sırplar için fark yoktu: Vatikan, Almanya ve Hırvatlar 50 yıl önce kaldıkları yerden devam ediyorlardı. Sırbistan Devlet Televizyonu'nda Danke Deutschland şarkısı, arka fonda 10 Nisan 1941'de Zagreb'de Nazi Ordusunu coşkuyla karşılayan Hırvat halkının arşiv görüntüleriyle birlikte yayınlandı.

Bosna iç savaşının, Vatikan-Avusturya-Almanya-Hırvatistan hükümetlerince teşvik edildiğini gösteren çok sayıda ciddi kanıt var. Franjo Tuđman, "Büyük Hırvatistan"ı yeniden kurmak için can atıyordu. Ayrılmasından önce 10.000 Boşnak askeri eğitim alması için Hırvatistan'a gönderiyor ve operasyonlara hazırlıyor. Bizzat Aliya İzzetbegoviç ve onun partisi olan SDA (Demokratik Hareket Partisi - Stranka Demokratske Akcije) Hırvatistan'a askeri eğitim almaya gidecek olan askerlere ve gönüllülere ögütler ve talimatlar veriyor. Hırvatistan'dan aldığı silah ve cephane ile Bosna-Hersek'te gizli bir Boşnak sözde askeri birlikleri kurulmuştur. Aliya İzzetbegoviç, Bosna Hersek Cumhurbaşkanı görevine seçildikten sonra Kurt Waldheim'e ilk resmi ziyaretini yapıyor (1986 yılında Avusturya'da Kurt Waldheim, Hitler'in ordusunda görev yaptığının ortaya çıkmasına rağmen devlet başkanlığına seçildi. 1942 yazında Waldheim, Batı Bosna'da çok sayıda partizanın öldürülmesinde, köylerin yerle bir edilmesinde, 68 bin Sırp erkek, kadın ve çocukun Ustaşa ve Nazi toplama kamplarına gönderilmesinde rol oynamıştı. 22 Temmuz 1942 günü, Kurt Waldheim, "Batı Bosna'da isyancılara karşı gösterilen cesaret" sonucu poglavnik Ante Paveliç tarafından Gümüş Madalya ile ödüllendirilmiştir). İzzetbegoviç Viyana'dan Vatikan'a uçuyor, II. Jean Paul'ün Bosna-Hersek'in bağımsızlığı fikrine sıcak baktığını öğreniyor. 1 Mart 1992'de, Boşnak Ramiz Delaliç, Sırplara ait bir kilisede düğüne katılanlara saldırıp damadın babasını (Nikola Gardoviç) öldürdü ve papazı (Radenko Miroviç) yaraladı. "Kanlı Dügün" ismiyle anılan bu olay savaşı tetikliyor. Ertesi gün Saraybosnalı Sırplar kendilerini Boşnak saldırısından korumak için barikatlar kurmaya ve silaha sarılmaya başlıyorlar. 29 Şubat-1 Mart 1992'te Bosnalı Hırvatlar ve Müslümanlar bir bağımsızlık referandumu düzenlediler ve sonuç yüzde 99.7'ni ile Yugoslavya’dan bağımsızlık ilanı yönünde oldu. Ancak, bu referandumun hukuki olarak bir geçerliliği bulunmamaktaydı; çünkü Bosna-Hersek Sosyalist Cumhuriyeti Anayasasına göre Federal Gumhuriyetten ayrılmak gibi önemli kararların alınabilmesi için her üç halk grubunun oy birliği gerekmekteydi. Ancak nüfusun yaklaşık üçte birini oluşturan Bosnalı Sırplar referandumu boykot etmişlerdi. 26 Mart ve 3 Nisan 1992'de, Bosna-Hersek'e müdahale eden Hırvatistan Ordusu yerli Müslümanların yardımıyla Sijekovac ve Kupres'te katliamlar yaptı. Bu katliamlara rağmen, Nazi Almanyası'nın Yugoslavya'ya saldırısının 51-nci yıldönümü olan 6 Nisan 1992 tarihinde, Batı Avrupa Birliği Bosna-Hersek Cumhuriyeti'ni tanıdı. Ve nihayet Bosna-Hersek Televizyonu Hırvatistan TV'sine özenerek Danke Deutschland şarkısını da yayınlanmaya başlıyor. Bütün bu olaylar Vatikan-Alman-Hırvat-Müslüman İttifakının olarak algılayan ve soykırımın tekrarlanmasından korkan Bosnalı Sırplar, 7 Nisan 1992'de Republika Srpska Bosne i Hercegovine (Bosna-Hersek Sırp Cumhuriyeti)'ni ve çoğunlukta oldugu yerlerde "halkların kaderlerini tayin etme" hakkına dayanarak bağımsızlıklarını ilan ettiler. 1992 Nisan ayından itibaren tanınmayan Bosna-Hersek Sırp Cumhuriyeti'ndeki Hırvatlar ve Boşnaklar silahsızlandırıldıktan sonra Tudjman, Boban, İzzetbegoviç kontrolündeki bölgelere ve Sırbistan'a tehcire tabi tutuldu. Bosna-Hersek bölgelerinin yerli Sırp nüfusu, savaş'ta Yugoslavya'nın parçalanması halinde Eski Bosna-Hersek Sosyalist Cumhuriyeti'nde bir Sırp ulusal devleti kurulmasını, bunun için de ülkenin gayrı-ortodoks unsurlardan arındırılmasını savunmaktaydı. Bosnalı Sırp tarafının tezine göre bu yerdeğiştirme (tehcir), bir etnik temizlik değil, tartışılmaz NDH'nin uzantısı ve Ustaşa'nın parçası olarak algılanan bir topluluğun zararlı faaliyetlerinin engellenmesi amacıyla ve iç güvenlik nedeniyle başka topraklarda yerleşime zorlanması yönünde alınmış bir önlemdir.

9 Nisan 1992'de, Reuters haber ajansı, kardinal Angelo Sodano'nun Aliya İzzetbegoviç'e yazdığı mektubundan alıntı yayınladı: "İşte bu güç günlerde Papa Hazretleri benden size ve halkınıza en hararetli desteği vermek istedi". Kutsal Makamdan Batı Avrupa Birliği'ne gönderilen 15 Nisan 1992 tarihli mesajda, Bosna-Hersek'le ilgili olarak şu ifade kullanılmıştır: "Biz, Yugoslav Federal Ordusu silahlı çetelerinin yaptıkları müdahaleye direniş göstermek istiyoruz". Papa'nın Mülteciler Temsilcisi S. Tomаz, Sırpların saf bir ırk yaratan ve etnik temizlik aracılığıyla istenmeyen Hırvatları ve Müslümanları katleden Naziler olduğunu iddia etti bile. 5 Aralık 1992'de, Papa, bir soykırım tehdidi karşısında, "medeni dünyanın insan müdahalesinin' gerektiğini vurguladı. 8 Mart 1993'te, II. Jean Paul, makam odasının penceresinden inananlara seslenerek şunları söyledi: "Bosna'da Sırp saldırganlarından intikam alsın diye Tanrıya yalvarıyorum." 11 Nisan 1993'te II. Jean Paul Paskalya mesajında "Bosna Savaşını Durdurun!" çağrısı yapmıştı. Ertesi gün ABD, Fransa ve Hollanda avcı uçakları Eski Yugoslavya hava sahasına girip Deny Flight (Uçuş Yasağı) Harekatı başlatmıştır.


12 Ağustos 1993'te, Bill Clinton ve eşi Hillary, Denver'e gelen II. Jean Paul'ü coşkuyla karşıladı. Papa Bill Clinton'a dedi ki: "Sırpları bombalamalısınız!" ve Somali'deki Amerikan misyonunu destekledi. Bundan sonra, papa Clinton ile birlikte geldikleri Katolik olan Beyaz Saray görevlileri ve CIA ajanlarıyla görüştü.





10 ve 11 Eylül 1994'te, "Hz. İsa'nın yeryüzündeki temsilcisi", ilk kez Yeni Hırvatistan Bağımsız Devleti'ni ziyaret etti. Papa, Hırvatistan Televizyonunun canlı yayınladığı Zagreb Katedralinde verdiği vaazda, Ustaşa Ordusu Askeri Papazı Alojzije Stepinac'ı "Kilisenin parlak adamı" olarak adlandırdı. Papa bu sözleri söyledikten sonra diz çöküp kardinal Franyo Kuhariç ve kardinal Angelo Sodano ile birlikte Stepinac'ın tabutun yanında dua etti. Papa, daha sonra yaptığı bir diğer konuşmada şöyle diyor: "Hırvat devleti, suçlulara karşı soruşturma yürütmek hak ve yükümünden kaçınılamayacak ve vazgeçilemeyecektir" ve "Umuyorum ki, bu soylu milletin siyaset adamları, uluslararası topluluğunun desteğiyle bütün devlet toprakları üzerinde egemenlik kuracaktır". Diğer bir deyişle "Hz. İsa'nın yeryüzündeki temsilcisi", Hırvatları Krayina Sırp Cumhuriyeti'ne karşı 'haçlı seferi' düzenlemeleri için teşvik ediyordu. II. Jean Paul'ün ziyaretinden sonra Hırvatistan hükümeti ABD şirketi olan MPRI (Military Professional Resources Incorporated) ile, Hırvat askeri güçlerinin kapasitesini arttırmak ve Hırvatistan’ı NATO’yla "Barış Programı için Ortaklık" çerçevesinde çalışacak uygun bir aday haline getirmek için sözleşme imzaladı. Ayrıca, Hırvatistan, savaş boyunca, Almanya, Avusturya, Çekya, ABD, Fransa, Arjantin, Ukrayna ve İran'dan bol miktarda silah, cephane ve ambargo kaps***** giren diğer malzemeleri alabildi. Çok iyi eğitilmiş, silahlandırılmış ve donatılmış Hırvatistan Ordusunun ilk hedefi, Arjantin, Nepal ve Ürdün BM taburları "koruması" altındaki Batı Slavonya idi. Şimşek Operasyonu olarak adlandırılan bu planlı etnik temizlik harekatının sonucunda 18.000 civarında Sırp yerinden yurdundan edilmiş, yüzlercesi bu harekat sırasında öldürülmüştü. Birleşmiş Milletler bu etnik temizliği önlemek için bir şey yapmadı. Dünya, Hırvatların suçunun izlerini yokettiği saatlerde faşizme karşı zaferinin 50. yılını kutlamakla meşguldü. Uluslararası camianın olanlar karşısındaki tepkisizliği neo-ustaşalara cesaret vermiştir. 4 Ağustos 1995'te saat 03.00'te Eski Yugoslavya'daki UNPROFOR'un Komutanı Bernard Janvier, Hırvatistan Ulusal Savunma Konseyinin Sırp Krayina'ya karşı askeri operasyon başlatmaya karar verdiğini haber aldı. Katolik-Fransız olan Janvier hemen BM Barış Güçleri kurmaylarına "askerler gözetleme nokta ve mevzilerde siperlenerek Hırvatistan Ordusunun ilerlemesine mani olmasın" diye emrini faksladı. 12.000 BM (UNPROFOR) askeri, 220.000 Sırp ve 30.000 Abdiççinin yurdundan sürülmesi, Hırvat ve NATO uçaklarının mülteci konvoylarını havadan bombalaması, malların yağmalanması, kadınlarının ırzına geçilmesi, 80-90 yaşındaki ihtiyarların kendi evlerinde canlı canlı yakılması, mültecilerin yollarda katledilmesi, Ortodoks mabetlerinin yok edilmesi ve tankların Sırp mezarlıkları yerle bir etmesine seyirci kaldı. Hırvat askerlerinin bir çoğu ise bizzat Katolikliğin yaygınlaşması için çalıştıklarını açık bir şekilde ifade ediyorlardı. Fırtına Harekâtı, Amerikalı generaller Carl E. Vuono, James J. Lindsay ve Ed Soyster tarafından planlanmış ve kısa sürede çok başarılı olarak, Eski Hırvatistan Sosyalist Cumhuriyeti topraklarını "Sırp sorunundan" arındırmıştır. Fırtına Harekâtı'ndan önce Tudjman "Sırplara, yok olmalarına yol açacak kadar şiddetli vurmalıyız" şeklinde bir açıklamada bulundu. 14 Aralık 1998'de yaptığı bir konuşmada ise Tudjman "Sırp meselesini hallettik. Artık Hırvatistan'da %12 Sırp veya %9 Yugoslav olmayacak Sırp nüfusu gelecekte %3 veya %5 civarında olursa bile, bu oranlarda Hırvat devletine tehdit oluşturmayacaklar" dedi.

Srebrenica ve Jepa'nın düşmesi'nden azamî ölçüde istifade etmeye çalışan Kutsal Makam, etkili bir basın kampanyasıyla Sırpları mahkum eden bir ortamın yaratılmasıyla birlikte Republika Srpska'ya karşı 'haçlı seferi' düzenlemekte gecikmedi. 23 Temmuz 1995'te, Batının, Bosnalı sivilleri korumak için silah kullanabileceğini vurgulayan II. Jean Paul, Bosna'da "adil savaş" ("guerra giusta") başlatmak için NATO'ya çağrıda bulundu. NATO, Bosnalı Sırplar aleyhindeki 'adil savaş'ta zayıflatılmış uranyum içeren silahlar kullandı. Sonunda bölgede kanser vakalarının giderek arttığı belirtiliyor. Srebrenitza katliamı iddiası, ABD ve NATO’nun Eski Yugoslavya'ya yoğunlaştırılmış askerî müdahalesini, nihayetinde Hırvat-Boşnak neo-ustaşaların 1995’in Eylül-Ekim aylarında 120.000 kadar Şipovo'lu, Jajce'li, Donji Vakuf'lu, Drvar'lı, Vozuça'lı, Bosanski Petrovac'lı, Klyuç'lu, Bosanska Krupa'lı, Mrkoniç Grad'lı ve Sanski Most'lu Sırbı göçe zorlamasını ve Ozren, Grmeç-Bosanski Petrovaç, Kozarska Dubica-Kostajnica ve Mrkoniç Grad'da esir-mülteci-sivilleri katliama uğratması, bunu takiben Saraybosna'nın Hırvat-Boşnak Federasyonu'na dahil edilmesi ve Saraybosnalı Sırpların yığınsal kaçışının, sonunda, NATO’nun Bosna-Hersek’i işgal etmesini meşrulaştırmaktadır.

1991-1995 arasında Eski Hırvatistan Sosyalist Cumhuriyeti ve Eski Bosna-Hersek Sosyalist Cumhuriyeti topraklarında toplam 212 Ortodoks kilise ve manastır tahrip edildi, 367 de hasar gördü.


Aliya İzzetbegoviç, papa II. Jean Paul'ü Saraybosna Havaalanında karşılıyor (12 Nisan 1997). Uçaktan, Saraybosna'da savaş sırasında meydana gelen yıkıntıları gören Papa, "Bir daha asla savaş olmasın. Bir daha asla kin ve hoşgörüsüzlük olmasın." dedi.


II. Jean Paul'ün Hırvatistan'ı 3 Ekim 1998'deki ikinci ziyareti sırasında Marija Bistrica kilisesinde düzenlenen ayinde kasap Alojzije Stepinac'e mübareklik unvanı verilmişti. Bu törenle "Hz. İsa'nın yeryüzündeki temsilcisi", NDH'de işlenen soykırımı aklamış ve legalleştirmiştir.


Hırvat general Ante Gotovina II. Jean Paul'ün elini öpüyor
5-9 Haziran 2003'te, II. Jean Paul, ülkenin bağımsızlık ilan etmesinden bu yana, Hırvatistan'ı üçüncü kez ziyaret etti. Roma Katolik Kilisesi dini lideri, Hırvatistan'ı, Avrupa Birliği'ne tam üyelik yolunda devam etme yönünde cesaretlendirdi. Gezisinin başında kendisini havaalanında karşılamaya gelen siyasilere ve din adamlarına yaptığı konuşmada, "Hırvatistan'ı AB'de görmek istiyorum," dedi Papa.


22 Haziran 2003'te, Nazi Almanyası'nın Sovyetler Birliği'ne saldırmasının 62-nci yıldönümünde, papa II. Jean Paul, Republika Srpska'ya bir günlük gezi yaptı. Papa'nın gelmesi Bosnalı Sırpları öfkelendirdiği için protesto gösterileri düzenlendi ve 1941-1945 yıllarında Katolik faşistlerin işlediği korkunç suçları anlatan broşürler hazırlanarak yayınlandı. Papa'nın gelişinden iki gün önce Banya Luka'da "1942-2003. Petriçevaç" yazılı afişler asıldı (6 Şubat 1942'de Petriçevaç Manastırında düzenlenen toplantıda Miroslav Filipoviç ve Viktor Gutiç'in önderliğindeki ustaşalar, Banya Luka çevresinde Sırpları katletmeye karar verdi. Bu toplantıdan sonra Motika, Drakuliçi ve Şargovaç köylerinde 2.297 Sırp (500 çocuk da dahil) katledildi). Papa'yı 101'nci dış gezisinde, SFOR (=NATO işgal güçleri) korudu. Papa, Petriçevaç Manastırında 50 bin kişi ile bir açık hava ayini düzenledi ve Banja Luka Katolik Katedralinde dua etti. Papa, Katolik Kilisesinin II. Dünya Savaşı sırasında, 2 binden fazla Ortodoks Sırp'ının katledilmesindeki rolü nedeniyle de af diledi. Manastırdaki ayin sırasında Papa, "Bunca acının çekilip kanın dökülmesiyle tarihteki yerini alan bu şehirden, yüce Tanrımızdan, Katolik Kilisesinin çocukları tarafından da insanlığa, insan haysiyetine ve özgürlüğüne karşı işlenen günahlara karşı merhametli olmasını ve karşılıklı merhamet arzusunu herkese aşılamasını diliyorum," dedi. Bu "özür dilenmesi" Sırplarca ikiyüzlülük ve alay olarak algılandı. 1991-1995 yıllarında II. Jean Paul'ün Hırvatlar, Boşnaklar ve NATO tarafından Sırplar'a yönelik soykırımı desteklediği söylendi.

Roma Katolik Kilisesi de Arnavutlara doğru daha yayılmacı bir tutum izledi. 25 Nisan 1993'te Tiran havaalanına inen Papa II.Jean Paul eğilip toprağı öperken sanki Arnavutluk'u yeniden kutsuyordu. Sali Berisha sevinçle papayı karşılayıp şöyle dedi:"Tanrı senin dualarını işitti! Bugün Özgür Arnavutluk'a geldin! Hem bizler, hem de gelecek kuşaklar sana müteşekkir olacaktır!" Papa cevabı konuşmasında, Kosovalı Arnavutlar'ın ayrılıkçı isteklerini desteklediğini söyledi. Papa'nın gelişi Arnavutlar tarafından, "Arnavut tarihinin en önemli olayı" ilan edildi. Kosova'da Arnavutça yayımlanan Bujku gazetesinde, Arnavutluk ve tüm Arnavutların papayı saygıyla selamladıklarını ve Karadağ, Kosova ve Makedonya Arnavutlarının Papa'nın elini öperek hayır duasını almak için Tiran'a geldiklerini yazıldı. Papa'nın Arnavutluk'u ziyaretinden sonra "Kosova Kurtuluş Ordusu" Sırplara ilk silahlı saldırı yaptı. 22 Mayıs 1993'te Glogovaç ilçesinde, UÇK teröristleri, Sırbistan İçişleri Bakanlığı'na ait arabaya saldırıp 2 polisi öldürüyor ve 5'i de yaralıyor. 1998-1999 Kosova Savaşı sırasında Kutsal Makam, kardinal Kuhariç ve Katolik basının açık biçimde Arnavut taraftarlığı yaparak, "uluslararası topluluğun saldırganı silahsızlandırmak için eylemlerine" açık destek verdiğini bilinmektedir. Papa II. Jean Paul, "Avrupa'nın Hıristiyan aslına dönmesi" çağrısında bulunduğu halde 2004 Mart ayındaki KFOR (=NATO işgal) güçleri gözlerinin önünde 35 Ortodoks mabetin tahrip edilmesine sessiz kaldı. Tiran'da II. Jean Paul'ün adını taşıyan sokak vardır ("Rruga Papa Gjon Pali II").



26 yılda 129 ülkeyi ziyaret ettiği için "Tanrı'nın atleti" diye anılan Katolik dünyasının ruhani lideri Papa II. Jean Paul, 2 Nisan 2005 günü 84 yaşındayken öldü. Papa'nın cenaze törenine katılmak için Roma'ya George W. Bush, Laura Bush, George H. W. Bush, Bill Clinton ve Condoleezza Rice gitti. ABD eski Başkanı Bill Clinton, Papa'nın cenaze merasiminde, II. Jean Paul'ün NATO'nun Bosna ve Kosova'da gerçekleştirdiği operasyonları desteklediğini belirtti ve ekledi: "Papa'nın savunma savaşlarını ya da masum insanları korumak için açılan savaşları desteklediğini düşünüyorum"


17-18 Mart 2004 Prizren pogromu esnasında yıkılan Hagios Georgios Kilisesinin duvarına "Sırplara Ölüm!" (I Morto i Serbi!) yazıldı

Another Side of the Pope: John Paul II’s Balkan Legacy
April 9, 2005 By Carl Savich

GERMAN AND US INVOLVEMENT IN THE BALKANS: A CAREFUL COINCIDENCE OF NATIONAL POLICIES?
Presented at the Symposium on the Balkan War Yugoslavia: Past and Present, Chicago, August 31-September 1, 1995

Pope John Paul II’s Legacy in the Balkans
Orthodox-Catholic Reconciliation?
By Carl Savich